檔案封存通常指的是對某些檔案進行特殊管理，以保護其內容不被泄露或對檔案本身進行保護，延長其保存時間。具體來說，檔案封存可以有以下幾種含義：
住房公積金檔案封存：當單位與職工中斷工資關係，且職工的住房公積金賬戶無法轉移，同時又不符合銷戶提取住房公積金的條件時，會對中斷繳存的住房公積金賬戶進行封存。
未成年人犯罪檔案封存：也稱爲犯罪前科消滅，是指國家執法機關對記錄未成年人犯罪的全部案卷材料進行不公開管理，目的是讓未成年人改過自新，迴歸社會。
檔案的物理封存：將檔案保存在一箇密閉的環境中，使檔案與外界大氣環境完全隔絕，避免外部的光照、有害生物、塵污、潮溼、有害氣體和顆粒、靜電等不良因素對檔案的不利影響，使檔案的保管微環境更加穩定，能有效地防止紙張氧化酸化，延長檔案壽命。