檸檬魚的製作方法有很多種，以下是一種常見的做法：
準備食材。黑魚一條，南瓜一小塊，金針菇，萵苣，豆花，綠豆芽，海南黃燈籠辣椒醬，檸檬，蔥薑蒜，幹辣椒，青花椒，小米辣，蒜末，香菜，芝麻，鹽，料酒，胡椒粉，澱粉，蛋清，食用油，魚骨，魚頭，魚尾，魚皮，魚腩。
處理魚。將黑魚洗淨刮鱗，片成薄片，魚骨和魚肉分開調味，醃製10分鐘。
煎魚骨。鍋中燒油，倒入魚骨煎至兩面金黃，加入開水煮沸，加入鹽調味，加入黃燈籠辣椒醬和蒸熟的南瓜塊，倒入豆芽、萵苣片、金針菇、豆花。
煮魚片。鍋中撈出多餘的料渣後，湯底中加入檸檬片、胡椒粉、小火下入魚片，滑動30秒後微卷即可撈出，倒入魚湯。
調味。撒入辣椒圈、蒜末、青花椒，起鍋燒油，油潑，點綴香菜、芝麻。
這個做法的關鍵在於魚片的處理和湯底的調味，魚片的處理要保證薄而均勻，而湯底的調味則要根據個人口味進行調整。