自1988年國台辦成立以來，共有五位主任先後擔任這一職務。他們是：
丁關根：國台辦的首任主任，出生於1929年9月，畢業於上海交通大學運輸管理系。他曾在鐵道部門工作，並在1983年至1985年擔任全國人大常委會副秘書長。1985年，他回到鐵道部擔任部長、黨組書記，並在1987年黨的十三大上當選中共中央政治局候補委員，1989年增補為中央書記處書記。1988年，丁關根兼任國務院台灣事務辦公室主任，直至1990年。
王兆國：第二任主任，曾擔任全國人大常委會副委員長、全國政協副主席等職務。
陳雲林：第三任主任，曾擔任海峽交流基金會董事長、海協會會長等職務。
王毅：第四任主任，曾擔任外交部部長等職務。
張志軍：第五任主任，目前仍在職。
張志軍同志最近被中央決定擔任這一職務。