《消失的伊森卡特》是一款解謎冒險遊戲，遊戲中的謎題分布在不同的場景中。以下是部分場景的攻略：
森林場景。在森林中找到並觀察五個陷阱，然後過橋進入下一個場景。
鐵軌場景。沿著鐵軌前進，會遇到「Travis之死」的謎題。需要觀察火車頭、死人、油桶和石頭堆，然後按照正確的順序操作場景中的物品。
太空艙場景。在鐵軌左側的樹林裡找到一個信號燈，按照正確的順序按下燈，會出現一個太空人，跟隨他直到太空艙出現。進入太空艙後，升空進入宇宙，並在背後的凳子上找到一個筆記。
靈異房屋場景。沿鐵軌繼續前進，會遇到一個靈異房屋和一個礦井。進入靈異房屋後先閱讀筆記，然後根據房屋布局還原整個房間。
礦井場景。從墓地後面沿著路走，找到礦井的隱藏入口。進入後，按照指示操作，包括啟動火車、撿起鐵鎬並放回原位等，最後還原整個事件。
房內命案場景。坐火車繼續前進，進入左邊房子，檢查死人、消防斧等，然後按照指示操作，還原整個事件。
地下祭壇場景。坐火車繼續前進，直到火車開不動。下火車後，進入左邊房子，按照指示操作，還原整個事件。
這些只是遊戲中的一部分謎題，玩家需要根據遊戲中的提示和場景中的線索來解決這些謎題。