液泡中的色素主要有花青素、類黃酮、類胡蘿蔔素和甜菜色素等。這些色素主要影響植物的花、葉和果實的顏色。花青素是自然界一類廣泛存在於植物中的水溶性天然色素，是花色苷水解而得的有顏色的糖苷衍生物，水果，蔬菜，花卉中的主要呈色物質大部分與之有關。在植物細胞液泡不同的PH條件下，花青素使花瓣呈現五彩繽紛的顏色，酸性時呈紅色，鹼性時呈藍色，中性時呈紫色。類黃酮色素中的花色素對花色形成起主要作用，控制著花的粉紅色、紅色、紫羅蘭色和藍色。此外，液泡中的色素還具有生理、藥理活性，也可用於食品著色、染料、醫藥、化妝品等方面。