篔簹湖的治理方法包括以下幾個方面：
依法治理。堅持依法治湖、截污處理、清淤築岸、搞活水體、美化環境的原則，實現生態效益和社會效益的協調發展。
組織領導。強化「黨政同責」的治理保護機制，建立完善的湖長制，推行「一小組、雙湖長、三層級」的組織保障機制。
綜合施策。採取「源頭控制、中間減排、末端治理」的流域治理理念，構建智慧水環境管理平台，實施雨污分流，進行大清淤，利用自然潮差提升水體交換能力。
環境保護。堅持人民至上的原則，積極回應民眾需求，推進污水收集處理設施建設，進行全湖清淤工程，種植紅樹植被，打造城市生態會客廳。
制度建設。出台多部涉海涉湖法規，實施地方性法規《廈門市篔簹湖區管理辦法》《廈門經濟特區篔簹湖區保護辦法》等，保障治理工作的順利進行。
共建共治共享。創新管理機制，從單一治理到聯合共治的轉變，推行「市民湖長」等辦法，調動社會力量參與保護。
生態優先。將環境治理納入法治化軌道，推進美麗中國建設，實現環境友好、生態和諧、宜居宜業、高質量發展的良性循環。