精神鑑定程式通常包括以下幾個階段：
委託與受理。首先由辦案機關委託進行鑑定，或者由相關人員向司法機關提出申請，由司法機關決定並委託。委託鑑定時，需有《委託鑑定書》，並提供相關材料，如被鑑定人及其家庭情況、案件的有關材料等。
鑑定準備。鑑定機構在收到委託後，應明確鑑定的目的和要求，審閱案情和病情等有關材料，擬定鑑定方案。
檢查與鑑定實施。被鑑定人應按照預約的鑑定時間到達指定地點，由鑑定人員進行軀體的、神經系統的和精神狀態的各項檢查，必要時還應做心理測驗、腦電圖、腦CT掃描及其他特殊檢查。
鑑定結論的形成。鑑定結束後，鑑定機構應製作《鑑定書》或《司法鑑定意見書》，包括委託鑑定機關的名稱、鑑定意見號、基本情況、基本案情、資料摘要、鑑定過程、分析說明、鑑定意見等內容。
送達與反饋。鑑定結論以《鑑定書證審查意見書》的形式作出，經鑑定人簽字並加蓋鑑定專用章後生效，並將《鑑定書證審查意見書》送達委託機關或鑑定申請單位。
此外，如果當事人對鑑定結果不服，可以提出重新鑑定的申請。鑑定費用一般在4000元至10000元之間不等，鑑定結論出具的時間大概為30個工作日。