綜合所得稅的計算方式如下：
應納稅所得額的計算。居民個人的綜合所得爲每一納稅年度的收入額減去費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的餘額。非居民個人的工資、薪金所得爲每月收入額減去費用五千元后的餘額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以每次收入額爲應納稅所得額。
稅率和速算扣除數。綜合所得適用的稅率爲百分之三至百分之四十五的超額累進稅率。速算扣除數根據收入水平分爲多箇級別，例如不超過36000元的部分適用3%的稅率，超過960000元的部分適用45%的稅率。
預扣預繳稅款計算。對於工資、薪金所得，預扣預繳稅款計算公式爲：本期應預扣預繳稅額=（累計預扣預繳應納稅所得額×預扣率-速算扣除數）-累計減免稅額-累計已預扣預繳稅額。累計預扣預繳應納稅所得額=累計收入-累計免稅收入-累計減除費用-累計專項扣除-累計專項附加扣除-累計依法確定的其他扣除。
年度彙算清繳。居民個人在年度終了後，需要辦理綜合所得年度彙算清繳。如果預扣預繳稅額與實際應納稅額有差異，需要進行多退少補。
以上是綜合所得稅計算的基本框架，具體應用時需要根據個人的實際情況進行調整。