《塞爾達傳說：荒野之息》的劇情發生在海拉魯王國，一個由希克族開發並維護的文明發達的國家。該國由四名被稱為守護者的機械神獸保護，這些神獸和四名英雄一起，封印了魔王加農。一萬年後，海拉魯文明退化，海拉魯人開始探索和挖掘，準備對抗即將復活的魔王加農。塞爾達公主學習封印魔法，同時也在研究如何使用大師之劍的林克被選中作為她的騎士。
遊戲開始時，林克在「浴缸」中醒來，發現塞爾達公主將自己安置在這裡。公主告訴他，加農已經控制了四神獸和守護者大軍，與海拉魯為敵。在保護塞爾達前往哈特諾的路上，林克受到重傷。塞爾達將林克送到安全的地方治療，並將大師之劍藏在克洛格森林，然後用光魔法將自己和加農封印在海拉魯城堡里。
失去記憶的林克在復活神殿裡甦醒，回到被蹂躪後的海拉魯。他在海拉魯的幫助下，解救被加農控制的神獸，並恢復前四英傑的靈魂，讓他們再次駕馭神獸。林克進入海拉魯城堡挑戰並消滅加農，但加農變身為黑暗野獸，企圖毀滅世界。塞爾達給予林克光之功，讓他能夠削弱加農的力量。
遊戲通過其開放世界設計和豐富的任務系統，讓玩家能夠深入了解海拉魯的世界和歷史。玩家可以探索不同的地形地貌，體驗四季變化，還可以通過開啟神廟獲得四個技能，這些技能對遊戲進程和探索世界都有重要作用。