藥師佛的法器主要包括以下幾種：
藥瓶：藥師佛的藥瓶是他救助眾生的重要法器之一，傳說中這個藥瓶里裝滿了無窮的藥丸和甘露，能夠醫治一切疾病，緩解痛苦，帶來健康和長壽。
藥缽：藥師佛左手托缽，或者左手持缽盛甘露，右手持藥丸，或者左手持缽盛甘露，右手結印。
錫杖：藥師佛多持缽，也執錫杖，錫杖是佛與弟子所持的重要杖具，據《錫杖經》所載，錫杖為智德之表徵。
藥師珠：藥師珠代表藥師佛的佛眼，具有強力的避邪驅魔、淨除業障、福慧健康的加持力。
藥器：藥器是藥師佛無病無痛十二宏願的代表，這個藥器里裝著許多的草藥，所以藥器被認為才是真正的藥師佛法器。
以上各種法器，不僅代表了藥師佛救助眾生的方式，也代表了藥師佛的修持方式和佛眼。