KOF XIII的故事發生在炎之軌跡的幾年後，一個擁有能誕生新幻影神童的神秘土地上。講述為了保護少女莉安娜，與“路法斯”組織對立的格鬥家盧卡爾之子比利為故事關鍵，形成主線劇情。
雖然流放於外並視為“異端”的家族似乎以改革者形象再度崛起，不過受到復歸神話和巨神兵對城市的恐慌等因素而變的動亂的世界。很多影跡與修羅篇中被囚禁的大BOSS（克拉克·史瓦特博士等人）出現。在本篇章中沒有特定的主角，開始嘗試融入街頭系統來更好的迎合不同類型的觀眾，每局戰鬥都有各自的故事情節發展。
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