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xcell分析

xCell是一個R包,由開發SingleR包的團隊於2017年推出,旨在推斷bulk RNA樣本中細胞類型的比例。它通過機器學習算法提取了64種免疫細胞和基質細胞的signature,並使用ssGSEA算法計算樣本在每個細胞類型signature的富集分數。然後,xCell利用特別設計的算法將這些富集分數轉換為細胞類型分數,並對緊密相關的細胞類型分數進行補償校正。xCell支持的分析數據類型包括RNA-seq測序數據和表達晶片數據,但不建議將這兩種數據混合分析。輸入數據必須具有異質性,否則xCell可能無法識別任何信號。xCell評分基於signatures的富集分數,與真正的細胞比例有線性相關性,但不應直接作為細胞比例值使用。此外,xCell評分不適用於單細胞數據的細胞類型鑑定。

需要注意的是,xCell是用於基因表達數據分析的工具,與Microsoft Excel軟體無關,因此關於Excel的描述(選項卡、功能區、列號、行號等)在此上下文中並不適用。