三心四相的故事有以下兩種說法：
第一種說法：
一日，佛祖問阿難說：“我一生說法四十九年，未曾說過妄語，你們有什麼看法？”阿難答道：“世尊您一生說法都是真實不妄。”佛祖聽後，對阿難說道：“其實，我在成佛前也曾說過妄語，但所說的都是夢話，別人也都當它是夢。若非如此，我也不會捨棄多聞修習的成果，而轉過來修行真正的正法。”佛祖繼續說：“在那個時候，有一婆羅門種姓的婆羅門種姓的人來拜見我。他很執著，自己非常堅持、執著，因而和我不見如來和不實語有所衝突，爭論了起來。
這位婆羅門很聰明、博學，非常博學的人也有其妙行、妙法，我就答應給他一些贈言。我便說：‘你是梵天、自在天的化身；因為你講法的方式不像在家人，也不是很聰明的在家人能如此輕易做到的。若不給你贈言而你還不懂，那是你的大過失。你能做到解、行、證這三點嗎？’這位婆羅門便歡喜地說：‘好的。’我就對他說了：‘當你思維到自心真如的時候是知道心已動，身口意便有動靜相。心為所現所轉的時候你就能悟入空性。’我對他講完以後他又對我說：‘其實你們大乘和小乘本沒有區別。就身口意而言三業造業沒有不同，有什麼了不起呢？我的想法是有解無行。’我便立即回敬他說：‘你要這樣說我可沒轍。’之後我下了比喻對他的弟子說：‘凡夫心的法性流轉無定性——那雜染的波浪不雜染就是波心作怪而不會善住！一旦把握住了妄心使他隱定不變之後能說三心不會再遷嗎？有功德在心的念慮靜謐是不安的嗎？本來就會不動的是不會舍離；只要心裡有一物的話心裡還會忘記嘛！如此如何談不到還有甚么動作不動作啊？這位婆羅門不懂我的話吧？”這個婆羅門回答道：“知道這個妄念沒有什麼甚么樣的思想行動才會好。這些都屬於勝義。”我聽後便對他說：‘你的見解很對。’
第二種說法：
有一次，阿難問佛祖：“世尊，我在佛經里看到您曾說‘三心’，即凡聖同歸、不住於事、不住於非事。同時又說‘四相’，即人相、我相、眾生相、壽者相。三心四相的說法雖然容易理解，但卻讓我們無法修持，怎樣才能消除三心四相呢？”佛祖說：“消除三心四相的方法很簡單，只需通過諸法本空的智慧觀照即可。”阿難聽後若有所悟地說：“原來消除三心四相併非做做樣子、說說空話啊。”
上述是三心四相故事的一種較常見說法。不同地區和文化對於歷史故事可能有不同的解釋和演繹。