三花貓之所以大多數是母貓而公貓非常稀少，是因爲控制貓咪毛色的基因和性別決定的基因緊密相關。三花貓的毛色特徵是由兩條X染色體上的基因決定的，其中一條X染色體攜帶黑色素基因，另一條攜帶橙色素基因，而白色基因位於常染色體上。母貓有兩條X染色體，因此更容易表現出三花特徵。相比之下，公貓只有一條X染色體，通常只表現出兩種顏色。
儘管如此，公三花貓是存在的，但它們非常罕見。這是因爲公三花貓通常是由於性染色體異常（XXY）或嵌合體形成而產生的，這種染色體異常會導致公三花貓無法產生正常的精子，因此大多數公三花貓沒有生育能力。這種性染色體的異常情況非常罕見，因此公三花貓極爲稀少。實際上，公三花貓的出現概率非常低，大約爲每3000只三花貓中有一隻可能是公的，而在能生育的公三花貓中，這一比例可能更低。
綜上所述，雖然公三花貓存在，但由於其罕見的染色體異常和生育能力問題，它們在自然界中非常少見。