上海市最好的五官科醫院包括：
復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院：這所醫院是國家重點學科及臨床重點專科，專注於耳鼻喉科疾病的診治，具有國際一流的診治水平。
上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院：該醫院的耳鼻咽喉頭頸外科設有多個亞專業，包括耳神經顱底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉頭頸外科及聽力中心，是上海市耳鼻咽喉科學住院醫師/專科醫師規範化培訓基地和國家藥物臨床試驗基地。
上海市第六人民醫院：該醫院的耳鼻咽喉頭頸外科是國家臨床重點專科，設有耳科、鼻科和咽喉頭頸外科三個亞學科，附設上海市聽力測試中心、鼾症診治中心等。
上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院：該醫院的變態反應多學科門診由多個科室共同開展會診工作，專門針對變態反應性疾病進行協同診治。
復旦大學附屬中山醫院：該醫院的耳鼻喉科以頭頸腫瘤綜合治療為特色，涵蓋耳鼻咽喉頭頸外科各亞專科疾病的診治，能開展各類手術，尤其擅長頭頸腫瘤的綜合治療等。