中山市的港口主要包括：
中山港
小欖港：位於中山市北部的小欖鎮。
神灣港：位於中山磨刀島西岸，於2003年3月18日開港運行，爲國家二類口岸，主要服務於中山市南部的神灣、板芙、三鄉、坦洲4鎮。
黃圃港：位於黃圃水道黃圃衝口，水路距石岐43公里。
中山外運碼頭：又稱“外貿碼頭”，是中山港兩大駁船碼頭之一，位於珠三角中心偏南，毗鄰香港和深圳，水路交通便利。
中山港國際貨櫃碼頭：地處珠江三角洲中心偏南，毗鄰深圳、香港，區位優勢明顯，腹地縱深廣闊。
小欖港國際貨櫃碼頭：口岸類型爲二類口岸。
此外，中山市還有其他一些碼頭，如中港碼頭、石岐碼頭等，其中中港碼頭有客運和貨運服務，客運可直接去香港中港城，而其他三個碼頭主要是貨運港口。