交叉污染的原因多種多樣，主要包括以下幾個方面：
加工過程中的問題。在食品加工過程中，生熟不分是交叉污染的常見原因，包括生熟區域、人員、器具和食品不分，以及設備、設施、器具等消毒不當，這些都可能導致交叉污染。另外，全自動生化分析儀的清洗系統隨著使用時間累加，清洗效果逐漸下降，也可能導致試劑間的交叉污染。
設備或系統故障。如高壓滅菌循環未成功完成或不足以完全淨化潛在試劑，允許活菌株在收容區域之間轉移，這在生物安全設施中是一個主要問題。
施工或操作不當。施工過程中沒有按照施工順序組織施工，或者施工後沒有對成品進行適當保護，可能導致交叉污染。
管理不當。如員工進出車間未按規定更衣洗手消毒，或者生產環境中的人流和物流組織不當，也可能導致交叉污染。
交叉污染可以通過合理的設備布局、工藝流程、衛生標準和員工培訓等措施來預防和控制。