交通部作為國務院的組成部門，主要負責公路和水路交通行業的管理。它的主要職能包括：
擬定公路、水路交通行業的發展戰略、方針政策和法規，並負責監督這些政策的執行。
制定並監督實施公路和水路交通行業的發展規劃、中長期計劃。
負責交通行業的統計和信息引導。
對國家重點物資運輸和緊急客貨運輸進行調控，組織實施國家重點公路、水路交通工程建設。
指導交通行業的體制改革，維護行業的平等競爭秩序，並引導行業最佳化結構、協調發展。
負責公路及其設施的建設、維護和規費稽徵，以及汽車維修市場、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理。
負責水運基礎設施的建設、維護、規費稽徵，水上交通安全監督、船舶及海上設施檢驗、防止船舶污染、航海保障、救助打撈、通信導航工作，以及船舶代理、外輪理貨、航道疏浚、港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理。
制定交通行業科技政策、技術標準和規範，推動行業技術進步，指導交通行業的高等教育和成人教育以及職業技術教育。
負責部機關、部直屬單位的人事、勞動工資、機構編制管理，管理港口、航運公安工作，以及承辦國務院交辦的其他事項。
負責政府間交通行業的涉外工作，指導利用外資工作，管理公路、水路交通與國際組織有關事宜，開展國際交通經濟技術合作與交流。