功能肥料，也稱為功能性肥料或多功能肥料，是一種新型肥料，旨在提供作物所需營養的同時，具備特定的功能性作用。
功能肥料不僅包含傳統的氮、磷、鉀等主要養分，還添加了其他有益成分，如有機和無機物質、微生物、藻類精華等，這些成分可提高作物產量、改善品質、增強抗病蟲害能力、提高植物適應性。功能肥料還具有改善土壤性質、促進作物生長、提高肥料利用率、增強作物抗病能力等特定功能。
功能肥料的套用涉及多個學科領域，包括作物栽培學、土壤學、植物營養學、植物保護學、微生物學、化學工程和環境保護學，是21世紀肥料研究和發展的重要方向之一。