微生物除草劑是一種利用微生物的特性來控制雜草生長的農藥。
這類除草劑通過不同的作用機理來殺滅或抑制雜草，包括直接的寄生作用和間接的代謝物作用。微生物除草劑可以分爲兩大類，一類是活體微生物除草劑，主要利用植物病原微生物（如真菌、細菌、病毒）的活體繁殖體來殺滅雜草；另一類是微生物源除草劑，這類除草劑含有對植物具有毒性作用的次生代謝產物，這些代謝產物可以迅速降解和破壞雜草的葉綠素細胞，阻礙其光合作用，或通過阻斷雜草的氧氣釋放和二氧化碳吸收，導致雜草窒息死亡。
與傳統化學除草劑相比，微生物除草劑具有許多優點，包括更高的安全性、對環境的低污染、較短的降解時間，以及能夠調節土壤pH值，增加土壤肥力等。