《侍魂2》的故事發生在暗潮湧動的江戶幕府時期，儘管表面上看似和平，實則地底魔道士的陰謀正在醞釀 。侍魂2以擁有神秘力量的少女娜絲塔夏和她的亡靈護衛彌勒一同揭開了一系列的謎團，擊敗魔道士薩洛蒙為主線。具體情節可以參考官方發布的遊戲指南。