六角恐龍魚生病的治療方法因其病症而異。以下是幾種常見疾病及其治療方法：
腸胃炎。輕度腸胃炎表現為厭食和拉稀，應停止餵食並保持水質乾淨，觀察兩三天後，如果沒有惡化，可以嘗試餵食，重度腸胃炎則可能需要使用乾酵母片。
內傷，如淤血。全身各處可能出現紅色或紫色血塊，一般不需要特殊用藥，只需保持水體乾淨以防感染。
皮外傷，如開放性傷口。初期只需注意換水和停止餵食以防感染，一旦感染，則需按其他病症治療。
水霉病。需要清理壞死部分，使用高錳酸鉀和特定藥物如慶大黴素治療，所有用具需消毒。
敗血症。這是一種高致死率的疾病，治療困難，可能需使用慶大黴素、利凡諾、左氧氟沙星等藥物。
便秘。前肢著地，後腿翹起，可以用乾酵母片治療。
在治療過程中，應注意保持水質乾淨，勤換水。藥浴治療時，需在盆中放入適量藥物和礦泉水，將魚放入藥浴，一般持續約30分鐘。