分子和原子在化學性質、物理性質、組成結構、體積和質量、化學反應中的行為等方面有所不同。以下是相關介紹：
化學性質。分子是保持物質化學性質的最小粒子，分子在化學反應中可以再分割，不同物質的分子中各種原子進行重新結合；而原子是化學反應中的最小粒子，在化學反應中不可分割，原子不能再分，只能通過原子間的重新組合形成新的分子或直接形成新物質。
物理性質。分子在化學反應中可以再分割，不同物質的分子中各種原子進行重新結合；而原子在化學反應中不可分割，原子不能再分，只能通過原子間的重新組合形成新的分子或直接形成新物質。
組成結構。分子由原子構成，分子是原子通過一定的作用力以一定的次序和排列方式結合成的整體；而原子由原子核和繞核運動的電子構成，原子核由質子和中子組成，有的原子還可以直接構成物質。
體積和質量。分子的體積大於構成該分子的原子的體積，分子的質量大於構成該分子的原子的質量；而原子的體積和質量都非常小。
化學反應中的行為。在化學反應中，分子可以再分為原子，原子再重新結合形成新的分子或直接形成新物質；而原子是化學變化中的最小粒子，在化學反應中不可分割。