分子的表示方法主要取決於其所在的領域，具體如下：
在數學領域。分子是分數中位於分數線之上的數字。它通常表示為整數，除非特定情況或操作需要非整數表示。
在化學領域。分子表示為化學式，這包括分子式和結構式。例如，水分子可以表示為H₂O，其中H和O分別代表氫和氧的元素符號，下標表示每個分子的原子數量。CO₂表示一個二氧化碳分子，其中C代表碳，O代表氧。結構式則進一步描述了分子的內部結構，例如，可以通過單鍵（「-」）、雙鍵（「=」）、三鍵（「≡」）來表示化學鍵。對於更複雜的分子，如醛基（CH₃CHO）和羧基（CH₃COOH），可以簡化為更緊湊的形式以方便表示和交流。