刺客信條2的故事圍繞著一名年輕的刺客兄弟會成員戴斯蒙德·邁爾斯展開。在故事開始時，他被用作"救生者"，通過一台名為"先祖投影儀"的設備，他進入了刺客組織的祖先記憶，以拯救他的朋友。在遊戲中，戴斯蒙德需要利用他的刺客技能和知識來通過一系列挑戰，以避免刺客和聖殿騎士之間的衝突升級。
在故事中，戴斯蒙德需要探索巴黎和蒙特婁等城市，揭示他自己的過去，同時了解刺客和聖殿騎士的秘密。他還必須面對自己的過去，並處理與他的兄弟會導師艾吉奧的複雜關係。
總的來說，刺客信條2的故事是一個關於友誼、忠誠和背叛的主題，同時也探討了刺客和聖殿騎士之間的複雜衝突。