刺客信條3的故事主要圍繞一個名叫戴斯蒙德·邁爾斯的刺客後代，他被用作遺傳刺客基因的實驗品，而這個實驗旨在阻止一個惡魔般的聖殿騎士陰謀。故事主要發生在現代和18世紀的紐約，以及刺客的隱藏所巴斯拉高地。遊戲的主要劇情包括戴斯蒙德與育碧線上遊戲社區的成員互動，以及他被捲入拯救人類命運的任務。然而，這個故事也揭示了刺客和聖殿騎士之間的長期鬥爭，以及他們背後的更大陰謀。在故事中，戴斯蒙德面臨著許多挑戰和危險，但他也發現了自己的使命，並成為了一位英雄，保護了刺客和聖殿騎士的遺產。這個故事揭示了兩個派系之間的內部鬥爭和人類的貪婪。在刺客信條3的故事中，許多人物被描繪得豐富多彩，他們之間的關係和動機對故事的進展產生了影響。這些人物包括戴斯蒙德的朋友和盟友、聖殿騎士、以及其他在故事中出現的角色。故事也涉及了道德和信仰的衝突，以及個人成長和轉變的主題。總的來說，刺客信條3的故事提供了一個複雜而引人入勝的情節，探討了刺客和聖殿騎士之間的歷史衝突以及人類面臨的問題。