《刺客信條3》的故事發生在18世紀末至19世紀初的美國，講述了刺客兄弟會的歷史與現代的故事。故事的主角是一個名叫艾雷歐特（Eliot）的刺客，他出生於英屬殖民地的美國，從小就接受了刺客的訓練，成為一名刺客。
艾雷歐特在故事中結識了其他刺客，並與他們一起執行任務，保護無辜，同時揭示了兄弟會的歷史和秘密。在他的冒險中，艾雷歐特將穿越美國的大陸和海洋，探索新大陸的未被發現的土地，並與聖殿騎士的敵人進行戰鬥。
此外，《刺客信條3》還包含一個現代的副線故事，描述了主角在15世紀訓練一名年輕的刺客的情景。這個訓練年輕的刺客的任務由一串代碼引發，穿插在現代刺客與他的兄弟，父親和朋友之間的複雜關係之中。這個副線故事讓玩家可以從兩個不同角度去了解刺客的故事。
以上是《刺客信條3》故事的簡要概述。遊戲的情節和人物關係複雜而深入，同時也具有探索新大陸的冒險元素，吸引了大量玩家。