劇場版《新幹線戰士來自未來的神速Alfa X》的故事發生在大森町因為神秘的能量異常現象，而開始出現不明的災害。當時的總一郎和與飛鳥奈緒在鎮上過著平凡的生活，卻意外地發現災害背後有一股強大的力量正在蠢蠢欲動。
在這危急的時刻，他們遇到了來自未來的戰士Alfa X，他是一個被遺忘的未來人，因為一些未知原因而流落到現代。他以驚人的速度出現，並立刻投入到了鎮子的拯救工作中。
在Alfa X的幫助下，總一郎和奈緒成功地解救了鎮上的居民，並與他們一起揭示了災害背後的真實原因。他們發現，這一切都是因為一個神秘的組織想要利用這股力量來推翻現代世界秩序的陰謀。
Alfa X和他的戰士夥伴們展開了與這一陰謀的激戰，他們用智慧和勇氣成功地阻止了這一陰謀，並將這股力量送回了未來。總一郎和奈緒也因此學到了勇氣、智慧和愛的重要性，他們的生活也因此得到了改變。
在故事的結尾，總一郎和奈緒一起開啟了新幹線，他們的生活也因此開始了新的篇章。而Alfa X則留在了現代世界，為了保護這個世界而努力。
以上就是劇場版《新幹線戰士來自未來的神速Alfa X》的大致故事情節。