化糞池的工作原理主要基於沉澱、厭氧消化和固體廢物分解的過程。具體來說，化糞池通過其內部結構的設計，促進糞便和其他生活污水分格沉澱，同時通過厭氧消化過程將有機物質轉化為可溶性物質和氣體。化糞池通常包含兩個或三個相互連通的隔室，每個隔室都扮演著特定的角色。
在化糞池的第一個隔室中，廢物和廢水首先進入，這裡的固體物質會沉澱到底部，而液體則上升並流入下一個隔室。第二個隔室繼續處理廢水，進一步分解和消化有機物質。最後，經過處理的廢水流入最後一個隔室，然後從出口管流出，可以安全排放或用於灌溉。
化糞池中的厭氧消化過程產生的氣體，如氨氣和甲烷，這些氣體可以通過通風口排出，以防止爆炸或積累。化糞池的定期清理和維護對於保持其有效運行至關重要，以防止堵塞和確保系統的長期性能。