南京五日游的行程安排可以按照以下方式進行規劃：
第一天。抵達南京後，上午遊覽南京博物院，下午參觀明孝陵，晚上在夫子廟秦淮風光帶品嘗南京特色小吃，感受夜生活。
第二天。上午前往南京大報恩寺遺址景區，下午遊覽鐘山風景區，包括音樂台、美齡宮、中山陵等，晚上在玄武湖公園附近散步，欣賞湖景。
第三天。上午前往牛首山文化旅遊區，下午遊覽綠博園，晚上在南京老門東歷史街區品嘗美食。
第四天。上午參觀侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館，下午前往南京總統府，感受民國時期的歷史氛圍，晚上可以在科巷老米記吃一碗米酒豆花，街邊打包一份南京滷味。
第五天。可以根據個人興趣選擇在石臼湖享受度假感覺，或者前往宮崎駿漫畫裡的世界——龍貓的草海、千與千尋的海上列車，體驗不同的風景和文化。
此外，在遊玩過程中，建議提前購買好往返車票，並準備好必要的身份證件。根據天氣預報準備相應的衣物和雨具，並在遊覽景點時遵守相關規定，不要隨意破壞文物古蹟。尊重當地風俗習慣，文明旅遊。