南京兩日游的推薦行程如下：
第一天：
上午：
到達南京南站後，前往新街口區域住宿，這裡酒店選擇多，價格適中。
前往明瓦廊享用早餐，這裡有皮蛋和手工面等美食。
前往古雞鳴寺，可以在湖邊散步或在湖心劃船。
前往老門東品嘗當地小吃，並參觀金陵美術館和德雲社。
下午：
前往夫子廟、江南貢院、烏衣巷等歷史文化景點遊覽。
晚餐推薦鹹亨酒店，這是南京的老字號，菜品口味上乘。
夜遊秦淮河，體驗南京的夜景魅力。
第二天：
上午：
早起前往鐘山風景區，按照明孝陵、美齡宮、中山陵音樂台的順序參觀。中山陵門票免費，可乘坐景區內的觀光車減輕步行負擔。
午餐後前往南京博物館或南京大屠殺紀念館，對面是雲錦博物館，可以免費參觀。
下午：
前往總統府、雨花台等景點遊覽。
前往新街口區域購物或探索。
前往玄武湖公園散步，然後去獅子橋美食街享用晚餐。
以上行程既包括了南京的歷史文化景點，也涵蓋了美食和自然風光，能夠讓遊客全面體驗南京的魅力。