南瓜子的營養成分主要包括：
熱量。每100克南瓜子大約提供546千卡的熱量。
脂肪。南瓜子含有較高的脂肪含量，大約占其總重量的19%，其中飽和脂肪占3.7%，多元不飽和脂肪占9%，單元不飽和脂肪占6%。
脂肪酸。南瓜子的脂肪酸主要包括亞油酸、油酸、棕櫚酸和硬脂酸，以及少量的亞麻酸和肉豆蔻酸。
礦物質和維生素。南瓜子含有鈣、鐵、鎂、鉀等礦物質，以及維生素A、維生素C、維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素E、維生素K等維生素。
膳食纖維。南瓜子含有較高的膳食纖維，大約占其總重量的18%。
蛋白質。南瓜子含有大約19克的蛋白質。
此外，南瓜子還含有南瓜子氨酸、三醯甘油、單醯膽鹼、磷酯醯已醇胺、磷脂醯絲氨酸、腦苷脂等類脂成分。