印尼的伊斯蘭教傳播可以追溯到早期，當歐洲人進行大航海之前，伊斯蘭教已經開始在東南亞的海洋島嶼上傳播和普及。這一過程很快取代了當地的原始宗教和有限的佛教。南洋島嶼與中南半島的情況不同，中南半島上佛教勢力強大，而島嶼上的居民很快接受了伊斯蘭教，並形成了統一的伊斯蘭社會。歐洲殖民者的到來，主要是出於商業和貿易的目的，他們對傳播宗教沒有太大興趣，因此伊斯蘭教的傳播並未受到太大的干擾。
荷蘭殖民者在東南亞的活動中，主要關注經濟利益，他們並沒有打亂伊斯蘭教的傳播，反而在一定程度上促進了伊斯蘭教的擴散。皈依伊斯蘭教也成爲了當地人對殖民者的一種無聲反抗。此外，印尼各個島嶼原先信仰的宗教主要是印度教和佛教，但隨着歷史的變遷，伊斯蘭教逐漸替代了這些宗教在印尼的地位。海上貿易的興起和伊斯蘭教的東傳都加速了伊斯蘭教在印尼的傳播。
儘管印尼在法律上並不是一箇典型的伊斯蘭國家，因爲建國後不同立場的政治強人努力維持着一箇世俗化的印尼，但伊斯蘭教在印尼的影響力是顯著的。印尼國父蘇加諾提出的“潘查希拉”即建國五原則中，雖然並未將伊斯蘭教設立爲國教，但這反映了印尼政府對伊斯蘭教重要性的認識。
關於印尼伊斯蘭教的起源，有觀點認爲可能與鄭和下西洋有關，但這一說法並不可靠，因爲今天印尼的華人幾乎沒有穆斯林，缺乏證據支持。更可靠的理論是，伊斯蘭教的傳播是由早期前來印尼經商的阿拉伯、波斯穆斯林帶入的。