危姓的起源有三種主要說法：
第一種說法認為，危姓來源於周武王的一個庶子，被賜姓為危。
第二種說法認為，危姓起源於兩漢時期，大司空甄豐的兒子甄尋被流放到邊地敦煌三危山，其子孫中有以危為姓者。
第三種說法認為，危姓起源於三苗族。上古時期，帝堯因兒子丹朱行為不檢而將帝位禪讓給舜。三苗部族對此表示反對，於是丹朱聯合三苗起兵與舜爭奪天下。最終，舜派大禹領兵鎮壓，在丹水一帶打敗了三苗。三苗的君主被殺，丹朱不知所終。叛亂被平息後，舜帝將三苗族人遷徙到西北的三危山（位於今天的甘肅敦煌）一帶居住。三苗的後裔遂以危為姓。
此外，還有說法提到明初文學家危素之祖本姓黃，後改姓危，其後人亦稱危氏。這些記載表明，危姓有著深厚的歷史淵源和多樣的來源。