叔丁醇具有一定的毒性，其蒸氣可以刺激眼睛和呼吸道，並可能引起頭暈、噁心和嘔吐的症狀。長期接觸叔丁醇可能導致肝臟和腎臟損害。叔丁醇還可能對中樞神經系統產生抑製作用，引起頭痛、共濟失調和協調困難等症狀。在嚴重的情況下，高濃度的叔丁醇可引起中毒，危及生命。此外，叔丁醇對眼睛和皮膚有刺激性，可能引起灼熱感、眼結膜炎、紅腫、瘙癢和皮疹。
在急性毒性實驗中，大鼠經口半致死劑量(LD50)為3046 mg/kg，這表明叔丁醇屬於低毒物質。然而，叔丁醇對家兔的眼睛和皮膚具有輕微刺激性，不具有遺傳毒性、致癌毒性。在長期毒性實驗中，叔丁醇被確定對腎臟有靶器毒性，可能出現腎小管和腎小球基底膜增厚及腎小球硬化現象。在生殖毒性試驗中，親代大鼠體重下降，死胎數量增加。在發育毒性試驗中，母體出現體重減少、食量減少和步態不穩，胎兒體重顯著降低。
總的來說，雖然叔丁醇具有一定的毒性，但其具體的危害程度和影響可能因個體差異、暴露途徑和暴露時間的不同而有所不同。在使用叔丁醇時，需要加強防護措施，以最大限度地降低潛在的危害。