合金裝備5的故事是圍繞著一個秘密軍事組織“蛇眼”展開的，該組織擁有各種先進技術和武器，並且致力於在全球範圍內推廣一種名為“黑桃”的電子遊戲。遊戲的主角是一個名為“Solid Snake”的特種部隊成員，他被派往世界各地調查蛇眼的秘密基地，並試圖揭露蛇眼組織的罪行。
在遊戲過程中，Solid Snake結識了各種不同類型的角色，包括前軍火商“Fox Master”和其兒子“Naked Snake”，以及年輕的玩家。這些角色與Solid Snake一起探索蛇眼組織的秘密，揭示了一個更加複雜的陰謀和恐怖事件。在遊戲中，玩家將面對一系列強大的敵人和關卡，同時還有各種複雜的線索和任務需要完成。
除了主線故事之外，合金裝備5還包括許多支線任務和多人遊戲模式。這些任務和模式讓玩家可以在遊戲世界中探索更多區域和任務，與其他玩家進行競爭或合作。最終，玩家將面對一個看似不可能的任務，需要使用各種武器和戰術來擊敗蛇眼組織的最終BOSS。
總的來說，合金裝備5是一個充滿冒險、戰鬥和探索的遊戲，它提供了一個令人驚嘆的世界和令人難忘的角色。這個故事不僅揭示了蛇眼組織的罪行和陰謀，還探討了人性的複雜性和戰爭的殘酷性。玩家可以在遊戲中扮演Solid Snake或其他角色，並與其他玩家或敵人進行對抗或合作，以揭露蛇眼組織的秘密並結束這場戰爭。