製作咖啡渣堆肥的方法有多種，以下是一些常見的方法：
紅糖輔助發酵法。首先，將紅糖加入咖啡渣中，加入少量水進行攪拌混合。然後，將混合物放入袋子中密封，放在陰涼通風的地方。經過2到3個月的發酵，就可以使用了。
塑膠袋發酵法。將咖啡渣倒入塑膠袋中，加入適量的土壤和水分，反覆幾次直到袋子三分之一的容量被填滿。綁緊塑膠袋，可以在袋子上扎幾個小洞以便透氣，然後放在遮陰處。一個月後，將混合物倒入另一個塑膠袋中，讓空氣流通。這個過程可以重複3到6次，6個月後堆肥即可使用。
塑膠桶發酵法。在一個廢棄的塑膠桶中倒入一層咖啡渣，加入一些葉木腐熟菌，與咖啡渣拌勻。再添加一層咖啡渣，如此反覆，每次添加後適量加水，保持濕度。這種方法可以促進咖啡渣的快速腐熟。
自然堆肥法。將咖啡渣與菜葉子、雜草、果皮等混合，加入原土。在高溫下發酵3個月後即可使用。
在使用咖啡渣堆肥時，需要注意它更適合喜歡酸性土壤的植物，如杜鵑花、玫瑰、茶花等。咖啡渣不適合所有植物，特別是那些不喜歡氮化物的植物。