哈士奇的眼睛顏色可以是藍色、棕色、綠色，甚至有可能出現兩隻眼睛不同顏色的情況。這種眼睛顏色的多樣性可能是由於遺傳和基因突變的因素。例如，哈士奇藍眼睛的形成與它們的基因有關，這種獨特的眼睛顏色是由一種叫做色素沉着不足的基因突變引起的。黑色素沉着不足的原因是因爲哈士奇的基因中攜帶了一箇叫做"TYRP1的突變基因，這個基因的突變導致黑色素在眼睛中的生成減少，從而使眼睛呈現出藍色的外觀。但哈士奇的藍眼睛並不是所有個體都會出現，這是因爲該基因是一種顯性遺傳方式，只有當一箇哈士奇狗狗同時攜帶兩個突變基因時，纔會呈現出藍眼睛的特徵。異色症，即兩種不同顏色的眼睛，在哈士奇中也相當常見。