四院九部的薪資待遇和福利保障如下：
薪資待遇：碩士年薪20-30萬元，博士年薪25-40萬元，為博士提供一次性安家費15-20萬元。
福利保障：七險兩金、人才公寓（單人單間、三年免費）、職工餐廳、定期體檢、節假日福利、帶薪年休假、工會福利等。
此外，有員工反映，四院九部的待遇在過去幾年有所下降，試用期半年的基礎工資加績效一個月不足6500元，轉正後基礎工資漲500元，績效因科室和型號不同而有高有低，偶爾還有一些獎金。加班情況方面，四院提倡六天工作制，但周末沒有加過班，周一到周五最晚到九點，一半以上的時間是7點前下班。