填海工程施工流程主要包括以下幾個步驟：
立項。首先需要取得海洋主管部門出具的初步審查意見。填海面積如果不足50公頃，則需由省級海洋主管部門出具初步審查意見；若填海面積超過50公頃，則需由國家海洋局出具預審意見。
環境影響評估。委託具有相應環境影響評價資質的單位編制環境影響報告書。對於50公頃以下的環評報告，需報省級海洋主管部門批準；若為50公頃以上，則需上報國家海洋局批準。
聽證會。海洋主管部門在海洋工程環境影響報告書審批前需要舉行聽證會，並將聽證會結果納入環境影響評估報告。海洋工程環境影響報告書批準後，海洋主管部門應將批準後的環境影響報告書報同級環境保護主管部門備案。
開山取土。若開發國有荒山，必須向縣級以上土地行政主管部門提出申請；若開發農民集體所有的荒山，應向縣土地行政主管部門提出申請，並報告縣人民政府進行審批。
填海工程施工。在填海工程施工過程中，應持續進行動態檢測。
施工組織設計。包括施工前的勘察和調研，制定施工計劃，清理施工現場，進行填海工程的基礎施工，土方回填，對填海區進行平整和加固，以及驗收和交付使用。
施工風險控制。填海工程施工過程中可能會遇到不可預見的風險因素，因此需要進行風險評估並制定相應的風險控制措施。
以上步驟涵蓋了從項目立項到施工完成的整個流程，確保了填海工程的順利進行和高質量的完成。