填湖造田的危害主要包括對湖泊自然資源的破壞、生態環境和調蓄功能的損害。具體來說有以下幾點：
湖泊面積減小會導致調蓄抗災功能減弱，增加漬澇災害的頻率，同時導致土壤環境惡化和土壤效益下降。
生物多樣性的損失，包括水生動植物資源的衰退和湖區生態環境的惡化。這阻礙了某些物種的繁殖和肥育，進而損害了湖區的生態平衡。
圍湖造田還會加快湖泊沼澤化的進程，導致地表徑流調蓄困難，進而引發旱澇災害的頻繁發生。
圍湖造田還會破壞植被，造成水土流失。
圍湖造田還會對土壤帶來負擔，加劇土地荒漠化。
圍湖造田還會減少水資源，加劇土地荒漠化。
破壞生態循環系統，影響淡水湖的面積和存在，進而影響長江水的分流能力，增加了洪災的風險。
填湖造田還可能影響城市內的排水系統，導致城市內澇問題。