在《火影忍者》中，大蛇丸最後並沒有死亡。他在佐助與鼬一戰中被鼬的十拳劍封印，後在第四次忍界大戰中被復活。復活後，大蛇丸從兜身上取回了自己的查克拉以及兜在這期間所掌握的情報。之後，大蛇丸在宇智波一族的南賀神社利用之前留下捲軸的內容將被屍鬼封盡封印的自己雙手及前四代火影的靈魂放出，並利用附身在佐助身上的白絕施展穢土轉生，召喚了前四代火影。自己則以白蛇形態逃離因施術而瀕死的軀體，奪取了具有初代細胞的白絕身體，並且恢復了雙臂。
在大蛇丸在兜體內的這段時間，他想通了，連一直學習自己生存方式，處心積慮計劃一切的兜都失敗了，故選擇幫助佐助，想要見證一個不同於自己的人生。