天然色素褪色的原因主要包括以下幾點：
光照影響：光會讓食用色素變得不穩定，尤其是某些天然色素在光照下容易發生變化，導致褪色。耐光性好的食用色素如檸檬黃、誘惑紅、亮藍，而耐光性差的有赤鮮紅、靛藍。
高溫作用：在烘焙等高溫加工過程中，食用色素可能會變得與預期不同，色彩發生變化。耐熱性好的色素有檸檬黃、日落黃、胭脂紅、誘惑紅、亮藍，而耐熱性差的有靛藍。
酸鹼條件下的金屬接觸：所有色素在酸鹼條件下與金屬接觸時褪色加快，尤其在高溫下。例如，檸檬黃和誘惑紅耐酸鹼性較好，而靛藍在酸鹼條件下褪色很快，赤鮮紅在PH小於4時會沉澱。
氧化還原劑的影響：合成色素受還原劑的影響，可能會完全褪色。此外，罐裝食品中金屬與酸性物質反應，如添加二氧化硫或維生素C等防腐劑，也可能導致色素褪色。
化學性質不穩定：天然色素的化學性質不穩定，遇到酸、鹼、熱、氧化劑、氧化酶等都會發生變化。花青素類的色素在加熱時間長的情況下會逐漸褪色，溫度越高、加熱時間越長，顏色越難保存。
水溶性色素的溶解：多酚類色素和甜菜色素屬於水溶性色素，遇水溶解會導致掉色現象。不同品種的外層細胞緊密程度影響其掉色程度。
綜上所述，天然色素的褪色是一個多因素影響的過程，包括光照、高溫、酸鹼條件、金屬接觸、氧化還原劑的影響以及化學性質的不穩定性等。