納米材料雖然具有許多獨特的物理和化學性質，在實際套用中卻也面臨一些缺點，主要包括：
易形變。由於極小的尺寸，納米材料相對於巨觀材料來說更容易形變，這限制了它們在某些特殊套用中的使用。
毒性問題。納米材料可能對人體健康造成危害。
貯存和穩定性。納米材料的大小很小，容易受到溫度、環境、化學物質等影響而失去穩定性。
成本較高。納米材料的製備成本高，需要昂貴的原材料和複雜的製備工藝。
缺乏標準。納米材料需要特定的標準來進行檢測和評估，但目前缺乏有效的標準和規範。
聚集和分散問題。納米材料容易聚集成團，難以分散，影響性能和穩定性。
粒徑和形狀控制困難。製備方法通常很難控制納米材料的粒徑和形狀，影響其性質。
易受污染。納米材料容易被周圍環境中的雜質和有毒物質吸附和污染。
抗菌效率不足。納米材料在細菌細胞中與目標的反應效率可能較低。
生物安全問題。納米材料在生物環境中可能表現出獨特的吸附、分布、代謝和排泄行為，存在潛在的生物安全風險。
膠體穩定性低。抗菌納米材料通常以膠體狀態存在，對環境變化敏感，穩定性差。