好氧池的工作原理主要依賴於好氧微生物在充足氧氣供應下對廢水中的有機物進行降解。
好氧池中，微生物通過其代謝過程將有機物分解成二氧化碳和水，這樣不僅降低了水中的污染物質，還淨化了水質。好氧池中的氧氣傳遞包括液相和氣相兩種方式，液相傳遞是水與微生物之間的接觸，而氣相傳遞則是氧氣從氣液界面傳遞到液相介質中。為了提供足夠的氧氣，可以通過機械通風、曝氣設備或植物的光合作用來實現。
好氧池的構造通常包括進水系統、反應床、曝氣系統、出水系統和微生物群落。進水系統將污水引入反應床，其中填料或板材表面積大，適合好氧微生物附著和生長。曝氣系統通過引入空氣提供氧氣，出水系統則將處理後的水排放出去。
好氧池中的微生物種類繁多，包括兼性菌和專性好氧菌等，它們在降解有機物的同時，也能有效去除水中的氮和磷。這一過程對於提高水質和處理廢水至關重要。