製作酵素肥料的方法如下：
準備材料。果蔬廢棄物（如蔬菜、水果和果皮）、糖（如白糖、紅糖、蜂蜜）、水（如自來水或井水），還可以加入桔梗、腐殖酸等物質以增加肥效。
處理材料。將果蔬廢棄物清洗乾淨，去掉不可食用的部分，將可食用的部分切成小塊，如果使用桔梗等較硬的材料，應先粉碎成碎屑。
混合材料。將果蔬廢棄物放入一箇大容器中，加入糖，糖的用量爲果蔬廢棄物的重量的10%左右，加入水，水的用量爲果蔬廢棄物的重量的2~3倍，攪拌均勻。
放置容器。將容器蓋上，放置在陰涼通風的地方，每天攪拌一次。
發酵。發酵時間通常爲3~6個月，具體時間取決於溫度和溼度等因素，發酵過程中要注意觀察，如果發現異味或發黴現象，需要及時處理。
使用方法。將酵素液與水按照1:100的比例混合，澆灌在土壤中，也可以噴灑在植物的葉面上。
在製作酵素肥料時，還需注意衛生，避免交叉污染，發酵過程中需要注意通風和溫度控制，避免發生異味和發黴。使用酵素肥料時需要按照比例使用，避免過量使用。酵素肥料不能直接食用。