分辨兔子的性別有多種方法，具體取決於兔子的年齡和發育階段。對於初生仔兔，可以通過觀察生殖器的形狀和與肛門的距離來分辨，母兔的生殖器孔洞扁形且較大，與肛門的距離較近；公兔的生殖器孔洞圓形且略小，與肛門的距離較遠。對於幼年兔子，可以通過觸摸兔子靠近肛門處的陰部來感覺是否有睪丸的存在，如果有肉塊狀物體，則為公兔。成年兔子在發情期時，公兔會有特定的行為如用力拍擊地面並在母兔後面追逐，而母兔會分泌特殊氣味並翹起尾巴擺動。
其他一些特徵也可以用來區分兔子的性別，如體型大小、頭部大小、耳朵長度和形狀。公兔通常體型更大、頭部更粗、耳朵更長，而且耳朵通常會直立。母兔則相對較小，身體比較圓潤，頭部也較小。
需要注意的是，對於三個月以下的幼兔，由於公兔的睪丸可能尚未降至陰囊，分辨性別可能較為困難。隨著兔子年齡的增長，公兔的睪丸會降至陰囊，這時分辨性別就容易多了。