提取目的基因通常涉及以下幾種方法：
基因文庫法。這種方法包括將某種生物的DNA片段導入受體菌中，形成含有不同基因的基因文庫。當需要特定的目的基因時，可以根據基因的核苷酸序列、功能、在染色體上的位置、轉錄產物（如mRNA）或表達產物（如蛋白質）的特性來識別並提取這些基因。
化學合成法。當已知目的基因的核苷酸序列時，可以利用DNA合成儀通過化學方法直接合成該基因。
PCR技術擴增。如果已知目的基因的引物序列，可以通過PCR技術擴增目的基因。這種方法涉及將整個DNA放入合成儀中，其中只有引物中間的目的基因會被大量擴增並提取出來。
克隆法。通過PCR擴增目的基因的DNA序列，並將其插入到適當的載體（如質粒）中。然後，將這些質粒轉化到宿主細胞中，使目的基因得以表達。
基因突變和編輯技術。如果已有相關基因，但需要改變其中的某些部分，可以使用基因突變或基因組編輯技術，如CRISPR-Cas9，來引入點突變或進行更大規模的修改。
遺傳轉化技術。對於植物和動物等多細胞生物，可以將目的基因導入宿主細胞的基因組中。例如，可以利用農桿菌介導的遺傳轉化將目的基因導入植物細胞，或使用病毒載體導入動物細胞。