檢測新冠病毒的方法主要包括以下幾種：
採樣。新冠病毒核酸檢測通常採用口咽拭子、鼻咽拭子和肛拭子三種方法。口咽拭子採樣時需將頭部微微揚起，嘴張大，由採樣人員用拭子在兩側扁桃體和咽後壁上擦拭至少3次；鼻咽拭子則需仰頭後由採樣人員將拭子貼鼻孔到達鼻咽腔後壁，輕輕旋轉一周；肛拭子則需由採樣人員將拭子輕輕插入肛門3-5cm，再輕輕旋轉拔出。採樣後拭子應立刻放入含有病毒保存液的採樣管中封裝保存。
實驗室檢測。新冠病毒核酸檢測多採用實時螢光RT-PCR方法進行檢測，將採集的樣本進行預處理後，通過螢光定量PCR儀進行擴增，隨後檢測基因序列，判斷該樣本是否為陽性。
抗原檢測。抗原檢測通常採用鼻拭子和咽拭子採樣，採樣後將拭子放入含有處理液的採樣管中，用力旋轉拭子，使其與處理液充分混合。然後打開處理瓶的蓋子，取出檢測卡，將處理瓶垂直倒置，在樣品孔中滴入三滴液體，等待十五分鐘。測試卡在C處顯示條帶，但在T處不顯示，則為陰性。如果C處和T處都顯示紅色條帶，屬於陽性，如果在C點沒有顯示紅色或紫色條帶，無論在T處是否顯示，結果都是無效的。
此外，還有其他一些檢測方法，如電化學發光法、速率法、葡萄糖氧化酶法、化學發光法、免疫比濁法、化學法、放射免疫法、酶聯免疫吸附法、間接免疫螢光法、高效液相色譜法、流式細胞術等。