清洗核磁管有多種方法，可以根據實際情況和可用資源選擇合適的清洗方式。以下是一些常用的核磁管清洗方法：
批量真空清洗。先將核磁管清空並倒置放在燒杯內，加入4mL左右的清潔溶劑（如丙酮、甲醇、乙醇、水或硝酸、NaOH水溶液等），然後將燒杯放入真空乾燥器，施加真空以除去管內空氣，使溶劑在管內上升並清潔，重複真空排氣循環3到4次，以除去管內所有空氣，整個系統可以放置一晚以獲得更好的效果，如有必要，可以對燒杯進行超聲處理作為輔助手段，最後用乾淨的丙酮完成清洗。
傳統浸泡法。使用重鉻酸鉀硫酸洗液浸泡核磁管約10小時，然後用自來水沖洗乾淨，直到管內壁不掛水珠，再用二次重蒸水反覆沖洗，最後放入烘箱乾燥。
超音波清洗。將核磁管放入含有清洗液或有機溶劑（如二氯甲烷、丙酮、甲醇等）的容器中，然後在超音波清洗器中清洗，這種方法適合大批量快速清洗，但可能對核磁管造成傷害，尤其是可能會造成看不見的裂痕，從而污染核磁儀器。
使用專用核磁管清洗器。對於多支核磁管的清洗，可以使用配備有多支管子的清洗器，而對於單支核磁管的清洗，則可以使用單支管清洗器，這種方法清洗速度快，且清洗質量好。
根據需要選擇合適的清洗方法，同時注意採取適當的安全措施，如佩戴護目鏡和手套，並在通風櫥中操作。